台灣地區因為地處亞熱帶，氣候濕熱，適合腸病毒生存與繁殖，所以全年都可能有腸病毒感染發生。依據疾病管制局的監測資料顯示，本（2009）年已有6例確定病例，目前皆已康復出院，檢驗結果皆為腸病毒71型感染，因此，疾管局再次呼籲家有嬰幼兒的民眾，以及教保育機構，應隨時注意個人、嬰幼兒及學童衛生，以降低感染腸病毒的機會，如有疑似重症前兆，要儘速轉送大醫院小兒科，進而避免重症的發生。
腸病毒之流行季為4-9月，由該局全國定點醫師監視系統資料顯示，腸病毒疫情每年約自3月下旬即開始上升，於5月底至6月中達到高峰後，才會逐漸趨緩，而後於9月份開學後可能再出現一波流行。該局目前除透過多元化監視系統，持續嚴密監視疫情外，各項防治準備措施也正在積極進行中，務必在流行期前完成準備，以降低疫情的危害，確保嬰幼童的健康。
該局重申，腸病毒的傳染力極強，在家庭與教保育機構（幼稚園、托兒所、安親班）等地方最容易傳播，3歲以下嬰幼兒因為免疫力較低，是腸病毒感染併發重症的高危險群。因此，民眾平時要注意自身與嬰幼兒的衛生習慣，自外面回家後，摟抱、餵食嬰幼兒前，大人及小孩務必正確洗手，以降低嬰幼兒感染腸病毒的機會。
若家中嬰幼兒經醫師診斷感染腸病毒時，小心處理病患之排泄物（糞便、口鼻分泌物），且處理完畢應立即洗手，並注意觀察患者是否出現腸病毒感染併發重症的前兆病徵，例如「嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力」、「肌抽躍（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）」、「持續嘔吐」與「呼吸急促或心跳加快」等，請務必立即轉送大醫院接受適當治療，以免錯過治療的黃金時間。