疾管局自2003年開始執行「建立我國病原體基因資料庫」國家型計畫，目的在透過病原體基因序列及個案流病資料的收集與分析，釐清疾病感染源及感染途徑，以利國內疫情之監控及防範。基於政府資訊公開及資源共享之原則，該局自2006年起，即開放部分基因序列資料供國內學術及研究單位申請使用，至今已有十餘位專家學者申請，累計分享約25,000筆資料。然為提升資料庫的使用率，2008年底與陽明大學團隊合作開發對外網站(TPMGD v. 1)，置於該局「全球資訊網」之主題專區(http://tpmgd.cdc.gov.tw/tpmgd_public/)，提供病原體基因序列比對查詢、及單筆下載等功能，目前更開發可批次下載基因序列的進階版本 (TPMGD v. 2)，使用者僅需透過簡單註冊，即可取得下載病原體基因序列之權限。
目前「病原微生物基因體資料庫 (Taiwan Pathogenic Microorganism Genome Database，TPMGD)」建置迄今，多次藉由核酸序列之比對，成功協助建立傳染病疫情之預測模式或新感染原的發現，例如：一、建立以蛋白質分型圖譜 (proteotyping map)預測流感病毒流行時間與強度的模式；二、藉由腸病毒定序比對，提出去(2008)年腸病毒可能大流行之預警，並確認EV71主要流行之亞型為B5，此與中國大陸流行之C4亞型不同；三、發現日本腦炎病毒Genotype I首次引進北台灣地區；四、發現二種不同基因型的境外移入屈公病毒，間接促使新加坡政府開始監測屈公病；五、自蘭嶼的成蜱 (Ixodes granulatus)分離出新種斑點熱立克次體Rickettsia spp. IG-1及六、發現國內首例的沙波病毒 (Sapovirus)感染事件等。
目前資料庫存放該局一年前產出之流感病毒、腸病毒及腺病毒序列與簡單流病資訊約5200筆，未來將每季定期更新資料庫內容，使用者若欲取得詳細流病資料，可透過申請作業取得。目前該系統主要功能包括：一、儲存病原體序列及簡單流病資訊；二、提供資料庫查詢與分析介面；三、病原體序列資訊批次下載；透過國家病原體資訊平台之分享，該局期能促進國內學術交流，帶動醫藥衛生技術產業發展，以提升國家防疫量能。