疾管局今(7/2)日表示，該局社區病毒監測計畫首度發現兩個來自社區的檢體驗出H1N1新型流感病毒，據此推估，H1N1新型流感病毒占所有於社區流行之流感病毒約10%，且依據電腦模擬結果，病毒可能早在一個月前就已進入社區，只是感染者症狀較輕微，而未前往就醫，故無法從監測發現。
疾管局表示，對此發現並不意外，因為WHO已在6月11日宣布全球大流行已無法有效防堵。在美國，新流感病毒比率已高達99%，幾乎完全取代原有的季節性H1及H3型病毒；香港最近亦已證實，其比率亦達70%，顯示新流感病毒進入社區已有一段時間。該局表示，台灣目前雖有10%，但一定會再升高，所幸病患均為輕症，全國尚無重症出現，表示病毒仍屬溫和型，與國外發現一致。至於病毒是否產生突變或出現抗藥性，該局將進一步定序分析。
所謂社區病毒監測計畫是全面性以隨機抽樣採集來自社區診斷或門診的病患之檢體，進行深入的檢測分型，有別於針對來自疫區或密切接觸者採檢所取得之檢體。因此，社區病毒監測更能發現病毒散播的實情。歐美先進國家均實施多年，我國亦不例外。自本(98)年6月11日WHO宣布大流行後，該局國家流感中心配合H1N1新型流感改列第四類法定傳染病，提升樣本數，加強監測。許多國家無此系統，因此也無法監測確切社區感染。疾管局特別指出，改列之時，外界誤以為疾管局已不進行監測，其實恰好相反，流感病毒的監測由局部改為全面，只是對確定病例不再進行無謂的強制隔離而已。
疾管局表示以上發現不影響現階段所採行之防疫措施，未來將保持高度警戒，持續掌握H1N1新型流感病毒的基因變化，注意重症及抗藥性的出現，以隨時調整防疫策略。
截至7月2日12時，我國確定病例72例，均為輕症，多數均已痊癒。