疾病管制局嚴正表示，為因應H1N1新型流感疫情，政府自5月以來一直主動與廠商洽詢疫苗可能之採購量，尋求最佳的採購方案，並無只被動等待廠商之情事。
行政院劉院長於4月30日第二次疫情指揮中心會議即表示：「只要有合格可用的疫苗成品，政府一定以合理價格收購」。指揮中心隨即於5月4日成立疫苗小組，掌握國際H1N1新流感疫苗產製最新進度，參加世界衛生組織與國際藥廠及製藥協會聯盟(WHO-IFPMA)之跨國電話會議，並了解廠商可能供貨之情形；另由疾管局郭局長於5月5日邀集國內外疫苗廠，進行我國採購新流感疫苗的說明會，包含諾華公司、百特、葛蘭素史克、賽諾菲安萬特及國光公司等5家廠商到場。6月11日於世界衛生組織宣布疫情提升至第六級，疾管局即公告採購案第一標，標案內容並因應國際H1N1新流感疫苗之供貨規範，在不影響交貨品質下，適度開放藥政相關規定，採用快速進貨方式。
疾管局強調，為因應秋冬第二波H1N1新流感可能的流行威脅，政府一直積極與國際廠商協商供貨；另藥政單位已與美國食品藥物檢驗管理局接洽，提供國內疫苗查驗登記之指導，以積極協助國內廠商產製疫苗，提供安全的疫苗讓民眾接種。