為因應2009高雄世運，衛生署疾病管制局與高雄市政府衛生局共同為賽期防疫把關。疾管局由林頂副局長擔任前進指揮所指揮官，率領50名專業且具實務經驗的機動防疫隊員，自今(7/15)日起進駐高雄並成立防疫前進指揮所，於賽事期間分駐各賽館場所，主動監視傳染病發生狀況，及進行病媒孳生源與蟲媒監視查核，透過疫情訊息流與指揮整合調度，即時採取防治措施，將提供世運參賽選手、裁判、當地國內外觀眾，一個健康衛生的環境。
該局原訂有世運賽事期間傳染病監視計畫，針對登革熱、新興傳染病及H1N1新型流感等，進行風險評估以加強監測與防治。在選手健康狀況監視方面：防疫人員將主動了解各競賽場館之醫護站，選手或工作人員的健康狀況；而高雄世運指揮中心也會提供參賽選手進行每日體溫量測及就醫情形，定時回報該局防疫前進指揮所，以做最即時的防疫因應決策及行動。在孳生源與蟲媒監視方面：機動防疫隊員將定時回報於高雄世運會23個場館及其附近，登革熱病媒蚊調查結果（含幼蟲及成蟲調查），防範登革熱疫情。
過去數月，中央與地方合作進行登革熱孳生源清除工作，績效良好。在H1N1新型流感方面，中央與地方在流行疫情指揮中心的指揮運作，將於賽事期間，持續密切的合作，使高雄世運各項賽事順利進行。