中央健康保險局將自98年9月1日起開始實施Tw-DRGs支付制度(Diagnosis Related Groups，住院診斷關聯群)，踏出實施DRGs的第一步，本次推出住院111項DRGs，為醫院總額支付制度下更具效率誘因的支付基準，未來將視實施情形陸續推出不同的DRGs項目。
美國、德國、澳洲及歐洲十餘個先進國家，為控制醫療費用成長、提升醫療效率及改進論量計酬多用多賺的缺點，早在20餘年前已陸續實施DRG支付制度。參考國外經驗，全民健保台灣版DRGs自89年開始規劃，在本土化的過程中，除邀請專家、學者提供意見外，亦廣泛邀請醫界、專科學會參與規劃，使台灣版的DRGs儘可能反映國內臨床診療。在長達近10年之規劃過程中，TW-DRGs分類由第一版的499項，發展迄今為967項，增加將近一倍。
為順利推動TW-DRGs支付制度，中央健康保險局係以原論病例計酬住院47個項目為先期導入之項目，並採分年分階段方式實施，且以「保障重症病患及減少醫院財務衝擊」、「維持醫院總額點值穩定」及「實施前後醫療費用總點數中平原則」三大原則進行規劃。
TW-DRGs支付制度將「實施項目」、「DRG支付點數」以6年的時間逐步導入，98年9月1日第1階段導入之111項Tw-DRGs項目，醫療費用總計約247億，占所有住院總費用之17%，第1年以DRGs支付之點數僅占實際醫療費用之25%，即75%醫療費用仍採行依個案論量計酬之醫療點數支付，所以，實施第1年(98年9月至12月)DRGs支付點數約20.3億，占98年醫院總額預算總點數不到1%，占整體醫院財務並不大。
在保障重症病患方面，初期已將癌症、精神科、愛滋病、罕見疾病、凝血因子異常、臟器移植併發症及後續住院、住院日超過30天及使用ECMO(葉克膜)個案等重症病患不納入Tw-DRG實施範圍，仍維持現行論量計酬之支付方式。
在維持點值穩定及TW-DRGs實施前後總點數中平方面，自91年實施醫院總額以來，依據全民健康保險醫療費用協定委員會協商結果每年維持約4%的成長率，以98年為例，醫院總額預算約3,191億，較97年預算的3,044億增加147億。醫院總額下實施Tw-DRGs支付制度，係以預算中平為原則，已協訂的總額不會因此增加或減少，但是，現行總額支付制度下的仍採用論量計酬支付方式，醫療院所可能增加醫療服務以提高申請的醫療費用，容易造成醫療資源過度使用，DRGs採事前訂價方式使醫療院所與健保局共同承擔財務責任，因此會使醫院更加強臨床路徑等管理，以改善病人照護品質與療效，導正論量計酬下醫療過度使用之行為。
健保局在規劃DRG分類時依照國際方法，依據病患診斷、手術及有無合併症併發症作為分類基準，使醫療資源使用相近的疾病歸為一組，費用支付時則以個案為單位。以肺炎病患為例，在DRG分類系統中，依照年齡、有無合併症或併發症，分為4組，支付點數從1萬4千到4萬3千元不等。此外，對於臨床上疾病嚴重度較高的個案，醫院提供服務的實際醫療服務點數高於上限臨界點時，健保除支付每個DRG定額外，尚支付高於上限臨界點之部分的八成之醫療點數。也就是說，如果肺炎病患合併有高血壓、糖尿病、心臟衰竭等疾病時，醫院仍應以病人權益最佳之考量下合併醫療，在新制度下應可獲得較高的醫療報酬，而TW-DRGs併同公告的住院日數僅反映該DRG過去個案之幾何平均住院日數，並非指該類個案住院日數之上限規定，健保局重申醫院不得以該住院日數要求病患在病情仍不允許出院的情況下，請病患出院。
在新制度下若醫院因為盡力照護，有效率提供醫療服務、減少不必要手術、用藥及檢查等，醫院就可以減少醫療成本並增加收入；反之，若醫院以多提供服務多賺，或因醫療疏忽、管理不當，以致延長病患住院日數或產生不良後遺症，醫療成本相對增加，則醫院收入相對會減少，故DRGs制度之實施目的在促使醫院治療病人時，更應以病人為中心，發展臨床路徑，讓病人得到更好，更有療效的照護品質，意即新制度會對優良之醫師給予較優之給付。
前述報酬之計算係以實施前特約醫院提供病患醫療服務的內容之支付點數為基礎計算而成，故TW-DRGs實施後民眾就醫的程序、接受的診療內容和實施前是一樣的，且更應以病人為中心，提供更有效率之住院醫療服務。醫院如因管理方式改變，影響民眾就醫權益，民眾可向本局各分局或各地衛生局申訴，健保局申訴專線為0800-030598。