莫拉克颱風陸上颱風警報已經發布，為保障民眾之健康安全，衛生署已通知有可能被颱風侵襲之各地方衛生局，針對轄內可能發生居民受困之山地或偏遠的地區，就必要救援之醫護人員與醫品藥材，備援待命，若有緊急救護需要，應即提供必要援助。另對於部分地區可能因為大雨受圍困之民眾所衍生之醫療相關問題，也請持續加強必要援助，若需緊急後送就醫，各縣市衛生局亦應配合當地緊急應變機制，請內政部空中勤務總隊，派遣直昇機提供緊急救援。
此外，衛生署已聯絡所建置分佈於全台灣之六個區域緊急醫療災難應變指揮中心(REOC)，提升緊急醫療應變等級，請其加強對災情之監控，尤其針對可能交通中斷地區之洗腎等慢性病患與慢性病藥品之狀況，予以掌握，並應就可能會發生之緊急醫療救護，妥善規劃各項應變支援措施。
對位於豪大雨地區之各醫院，為不中斷其提供之醫療服務，醫院應確保醫院內發電機、抽水機之正常與堪用，儲備足量之蓄電池與柴油，並加強醫院內之應變措施，以維持院務之有效運作，並保障病人之就醫權益。