衛生署感謝各地區熱心之醫院、診所及醫護人員關心災區醫療服務，衛生署業以縣(市)為單位，統一調查彙整可支援之各類醫事人力，由國家級災難醫療救護隊南部執行中心蔡明哲執行長（成大醫院）統籌協助緊急調度，如有醫療人員意願支援救災請與國家級災難醫療救護隊南部執行中心聯繫，將由本署統一調度。受災民眾若有心理諮詢需求，衛生署也啟動災難心理衛生機制，由安心專線0800-788-995提供24小時免費服務。
目前災區醫院皆已恢復正常醫療服務，可提供災區民眾醫療需求；部分受困災區之緊急醫療需求，將由衛生署高屏區緊急醫療應變中心協助各地方政府調度其他縣市之醫療資源。衛生署目前已協助高雄縣政府衛生局協調高雄榮總與建仁醫院認養六龜鄉、高雄長庚醫院認養甲仙鄉、義大醫院認養那瑪夏鄉、高醫附設醫院認養桃源鄉、高雄市立聯合醫院認養茂林鄉等災區之醫療服務，依交通及天候狀況已陸續派醫療網團隊進入災區。
至8月12日下午3時止已派遣，39支醫療團隊包含緊急醫療、心理衛生專長之醫護人員，進入各受困災區、收容所，並成立臨時醫療站與心理服務站。目前各災區醫療支援情形如附件，每日更新於衛生署全球資訊網首頁醫療防疫救災資訊（www.doh.gov.tw）。