疾病管制局接獲南投縣結核病都治關懷員通報，有6名結核病患，因道路受阻無法返回居住處接受送藥服務，南投縣政府衛生局立即以衛生所人員人力接駁及直升機空投方式緊急送藥作為第一線的處置，完成結核病個案4人(水里鄉玉峰村、信義鄉人和及東埔村)，及潛伏結核感染病患2人(信義鄉東埔村)，避免讓結核病患藥物治療中斷，同時給予精神的支持關懷。
該局表示，結核病藥物中斷若達二週，即造成治療失敗，因此在天然災害前均提醒各縣市衛生局先行備藥，並於災後立即清查有無送藥中斷情形。為協助災區結核病患以及散居各收容中心的在案結核病患能獲得連續性及整體性照顧，除確保病患用藥無中斷之虞外，都治計畫關懷員也持續前往給予心理支持，避免受災地區爆發結核病流行。
另外，考量天然災害後之意外創傷事件發生，疾管局已利用空運方式運送破傷風類毒素及消毒藥材、藥水至受災地區調度使用。該局表示，將全力協助地方衛生位進行環境消毒及各項災後防疫工作，並加強受災地區傳染病監視，降低爆發傳染病流行之風險。
截至目前為止，疾管局已調度支援11部消毒車、23萬份消毒藥品及破傷風類疫苗2萬人份至受災地區，並投入超過80名人力進行災後防疫工作，目前已消毒及宣導戶數計3萬8千戶。兩位副局長林頂及周志浩也已分別進駐高雄縣及台南縣災區前線，坐鎮指揮。