有關99年度全民健保醫療給付費用之成長率上限為3.5%，係行政院經建會邀集專家學者充分考量當前經濟情勢、健保財務、醫療支出、民眾付費能力等各項相關因素核定，全民健康保險費用協定委員會於98年9月11日與醫界、政府代表及付費者團體進行99年醫院總額協商，共識決議醫院99年成長率為2.734%，雖不如醫界預期，但已為各部門總額中最高者
99年醫院醫療給付費用總額約3,295億元，較98年增加104億元。其中除已考量人口結構改變、醫療服務成本指數改變率及人口成長外，另為保障及維護急重症患者就醫權益，業將新醫療科技(新藥、醫療技術及材料)之引進、提升急診照護品質、新生兒照護品質、住院護理照護品質、慢性B型及C型肝炎之照護、器官移植患者、血友病及罕見疾病患者….等醫療需求列入考量，相關協定成長項目於99年醫院總額預算成長率已適度反映，醫界實不該藉此視為零成長。
在醫院總額制度下，為發揮同儕制約效能，維持點值穩定降低醫院財務風險，鼓勵提升醫療服務效率，合理使用醫療資源，減化審查之行政流程，各分局與轄區醫院共同推出自主管理方案，由醫院權衡自由選擇加入，若未加入自主管理者，則按現行醫療服務審查辦法之抽審方式進行費用與品質管理，並不影響民眾就醫權益。
總額制度實施後，各為確保民眾就醫權益，各部門均有訂定品質確保方案，於本局全球資訊網定期公開專業醫療品質監測結果供民眾參考，並定期回饋資訊供醫療院所自我管理，當不致因醫院退出自主管理方案而有所改變，然為期避免醫院退出自主管理，造成衝量競爭增加醫院財務風險及本局專業審查作業，本局當會全力繼續與醫界溝通，以期達醫界與健保局雙贏。