第五次藥價節餘用於調整病人照護
96年第5次藥價調查藥價結餘約150億，提撥20％共30億元用於提升醫療品質。醫院以調整門診及住院診察費、住院會診費、ㄧ般病床及經濟病床之病房費與護理費、門診及住院藥事服務費等項目，平均調幅約4％。
西醫基層則用於鼓勵醫師開口服液給兒童，診所開原瓶包裝口服液劑之比率，6歲以下由原來2.4%提高為40.7%，7至12歲由原來1%提高為18.5%，處方原瓶裝口服液劑供病童使用之情形已大幅增加。
第六次藥價節餘用於提升用藥品質
依據全民健保藥價基準規定，進行兩年一次的例行性健保藥價調整，健保局業於98年7月16日公布新藥價，並自98年10月1日生效。
為充分發揮藥價調整之效益，此次例行性藥價調整，健保局也同時提出擴大民眾用藥權益方案，對於一些已納入健保給付，而先前因健保財務之不足，致無法全面開放的藥物，於收集相關實證醫學資料，提醫、藥專家會議評估後，予以適度放寬，使醫師在處方時有更多的選擇，並減少民眾自費醫療的負擔。初步預定放寬之方向如下：
一、 癌症標靶藥物放寬給付限制
包括腸胃道間質腫瘤、慢性骨髓性白血病(CML)及惡性胃腸道基質瘤、骨髓發育不全症候群(MDS)/骨髓增生性疾病(MPD)、嗜伊紅性白血球增加症候群(HES)與/或慢性嗜伊紅性白血病(CEL) 等。
二、 B、C肝炎病人用藥條件放寬，可以用抽血檢驗取代「肝穿刺」，B肝治療用藥之使用期間由原先18個月延長至36個月；而C肝病人可由原24週延長至48週。
三、 放寬心血管疾病或糖尿病患者，使用降血脂藥之限制。
四、 另為提高藥品品質，衛生署將針對製藥原料及製藥過程更進一步管理，因此對於使用嚴格管控、規格一致的原料藥之藥品，以及藥廠通過衛生署PIC/S GMP認證之藥品，將以同成分、同規格、同價格為目標，提高藥品的支付價格。
健保總額協商已考慮藥價調整效應
藥價調整除了提撥部分用於上述用途外，其餘仍然放在總額內，用於病人之照護。雖然沒有自總額扣除，但全民健保費用協定委員會於總額協商時，已將這一部分納入考量，因此99年總額成長率才會較以往為低，醫界及消費者應該了解這是多種因素均衡的結果。