指揮中心於今(9/29)日召開第二十八次會議，由朱立倫總指揮官主持。會議除報告疫情現況及流感疫苗接種進度外，亦通過成立「疫苗事件危機處理小組」，並要求各縣市指揮中心比照辦理。
　 為因應流感疫苗接種可能發生之緊急事件，指揮中心成立「疫苗事件危機處理小組」，由張上淳副署長擔任召集人，郭旭崧局長擔任副召集人，主要成員包括衛生署疾病管制局、藥政處、醫事處、公關室等單位；另外，兩家疫苗廠商雖非固定成員，但將指定代表與處理小組保持密切聯繫。該小組已模擬多種可能突發之狀況，擬訂應變作為。可能之危機狀況包括：「民眾施打後發生嚴重副作用或猝死」、「孕婦施打後發生流產或其他不良反應」、「國外疫苗安全疑慮事件」、「疫苗廠商延遲交貨或斷貨」等十餘種狀況。指揮中心表示，從國內外獲得資訊顯示，疫苗是安全的，惟為求謹慎起見，及時反應，指揮中心預先模擬各種突發狀況，有備無患。
我國實施流感疫苗接種計畫已有十餘年，惟今年較為特殊，指揮中心特別提醒民眾，今年的流感疫苗有兩種，一種是季節性流感疫苗，一種是H1N1新型流感疫苗。兩種均採自願性接種。
季節性疫苗自10月1日開打，符合接種對象者（6個月嬰兒至小四學童、65歲以上長者及重大傷病者等），可攜帶身分證件及健保卡至各全國3500多家合約醫療院所接種。詳情可參閱指揮中心網站或撥打防疫諮詢專線1922。
新流感疫苗預計自11月開始施打，目前接種的十二順位已確定，屆時將依次序，通知優先民眾接種。相關接種方式及合約醫療院所等細節，將於10月20日公布。