有關98年10月5日媒體報導「器官移植資訊應公平、公開、透明化」乙事，衛生署表示，為促進器官之有效運用，行政院衛生署依人體器官移植條例規定，於91年6月捐助成立財團法人器官捐贈移植登錄中心，建立器官移植等候者及捐贈者資料庫，推動器官捐贈移植相關事務，並自94年4月1日開始進行器官捐贈移植登錄系統線上分配作業，依分配原則由資訊系統自動計算優先等候捐贈之順序，以杜絕人為因素干預，而各器官類別之分配原則，均公布於財團法人器官捐贈移植登錄中心網站以供民眾查詢（網址為：http://www.torsc.org.tw/assize/assize.jsp）。
另為逐步提升我國器官分配的效率與品質，衛生署復於93年4月1日，以器官勸募醫院為主軸，建立器官勸募網絡；除以電腦線上分配外，財團法人器官捐贈移植登錄中心每季都會邀集各勸募網絡醫院，就該季捐贈、移植案例進行檢討，藉由同儕的監督，確保各醫院均依分配原則作業，而衛生署也於近日送交立法院審議之「人體器官移植條例修正草案」中，加入對於未依器官分配原則辦理醫院之相關處分規定，以建立更完善之機制。
除器官分配制度以外，衛生署也針對捐贈部分進行改革；在「人體器官移植條例修正草案」中，將仿效國外先進國家多以駕照作為民眾表達死後捐贈意願載具相關制度，以人手一卡的健保IC卡，成為民眾表達生前表示捐贈意願之載具，以方便醫療機構及醫事人員可以快速了解與處理。
據統計，自今年1月1日起至9月30日止，我國屍體器官捐贈之人數為164人，受惠人數584人，較去年同期上升約14％，或較94年同期成長50％；惟每年器官捐贈人數仍與等待人數有所差距，對此，衛生署再次呼籲社會大眾：踴躍響應「遺愛一善念，生命不斷線」器官捐贈理念，造福等待器官移植之病人及家屬！