歷年來健保局支應醫療費用係編列「保險給付」科目預算支應，年度概算由健保局提出，由行政院衛生署初審，再經行政院審查後，再將預算案送經立法院審議通過，完成法定預算據以執行，並無違失，且業經審計部完成決算審定程序。
依全民健保法相關規定，有關預防保健等公共衛生支出之費用，原皆涵蓋於健保給付範圍，健保局依規定每年編列年度預算支應。嗣於94年起為因應健保財務危機，並保障民眾醫療權益，遂規劃實施健保多元微調方案，即節流與開源並重，其中之一即為依行政院94年2月18日召開研商健保財務改革措施會議決議：「同意公共衛生支出之法定傳染病、預防保健及教學成本等經費，逐年回歸公務預算編列。」
94年度由行政院衛生署健康照護基金所屬醫療發展分基金暨菸害防制及衛生保健基金各提撥20億元計40億元，以挹注方式支應健保「多元微調」方案之教學成本、法定傳染病及預防保健等經費，95年度起公務預算編列42億元、96年度編列75.74億元，自97年度以後全部回歸公務預算編列，健保局未再支應相關經費。
行政院衛生署99年使用菸品健康福利捐辦理，加強健康照護等工作項目，將加強罕見疾病等弱勢族群醫療照護及健保未給付之美沙冬代替療法藥費等相關費用併入加強醫療服務計畫中，並透過資源統籌運用專款補助方式作業，照護弱勢及幫助積極戒除藥癮，最終達到減少健保醫療支出之目的，使全民健保能永續經營，持續以民眾就醫權益為優先，維護國人健康為要務。