指揮中心今日召開第三十二次會議，由朱立倫總指揮官主持。基於疫情發展現況，朱總指揮官特別指示應加強校園防疫工作及落實325停課標準，並確認疫苗接種及提供低收入戶口罩等兩項計畫，如期進行。
　 指揮中心表示，北半球主要國家，包含台灣，流感疫情持續上升，國內急/門診類流感就診率及住院病例人數明顯增加，尤以北部學生族群最為明顯。惟肺炎死亡率略呈現下降趨勢。
自10月起，校園停課情形已連續4週增加，指揮中心再次強調，校園防疫應落實325停課規定，如校園內發生群聚感染而有停課疑慮時，可由教育單位與防疫單位協助，依專業判定是否停課。另外，指揮中心特別籲請家長配合，如有學童生病，請儘量讓病童請假在家休息，降低病毒傳播風險。
H1N1疫苗準備如期進行，11月1日第一順位的收容/安置場所災民開打，11月2日是第二順位的醫護人員開打。指揮中心表示，諾華首批37萬劑疫苗今日開始配送到各縣市衛生局，另外，國光的首批500萬劑疫苗亦將於10月30日如期進行點收。
指揮中心公布國內第二例抗藥性H1N1新型流感病毒株，病毒株分離自一名北部44歲男性，經克流感治療後出現抗藥性，經疾管局流病調查後研判，亦屬個案，無群聚及擴大跡象，亦與首例無關。依據世界衛生組織最新資料顯示，目前全球計有39株克流感抗藥性病毒株，超過十個國家通報，其中檢測出2例以上的國家包含美國、英國、日本及香港等地。指揮中心表示，透過擴大進行H1N1病毒之抗藥性監測，不排除陸續出現抗藥性病毒株的可能，疾管局除持續加強監測外，已儲備瑞樂沙96萬劑，提供醫院必要時使用。