一、有關以往健保費支應公衛支出之合法性：
（一）全民健康保險法第1條開宗明義規定：「為增進全體國民健康，辦理全民健康保險，以提供醫療保健服務，特制定本法。」，故有關法定傳染病治療、提供預防保健之服務等，皆屬醫療保健服務範圍，其費用由健保支出並無不當；而且全民健康保險不給付之項目，係規定在全民健康保險法第39條，該條條文並未明定健保不給付之範圍，包括法定傳染病之治療及預防保健等公共衛生支出；又為維護保險對象健康，健保法第32條授權訂定「全民健康保險預防保健實施辦法」，以執行相關之預防保健服務，故以往由健保支應法定傳染病及預防保健相關費用，係依照健保法相關規定辦理，並不發生挪用問題。
（二）有關健保支應教學醫院教學成本部分，按醫療法規定，教學醫院應按年編列人才培訓經費，因屬教學醫院成本之一部分，故勞保時期即為其支付項目。健保開辦初期沿用勞保支付標準，且依據健保法第51條規定，支付標準必須反映各項醫療服務成本，再者，投入教學成本對於提升醫療品質亦有助益，故本項由健保支應，尚屬合理。
（三）另有關推動「醫藥分業」差額支出，「醫藥分業」法源依據雖然是藥事法，但是全民健保基於醫藥專業分工、保障保險對象用藥安全，乃站在協助與鼓勵此制度之立場，支付相關費用，亦提經健保法第51條之法定程序討論通過，本項經費支出，並無不妥。
二、後來為了解決健保財務問題，本署才自94年起，實施「多元微調」措施，而將預防保健、法定傳染病之防治、醫院教學費用逐年回歸公務預算，辦理情形如下：
（一）94年從「菸害防制及衛生保健基金」及「醫療發展基金」各提撥20億元，合計40億元，用以支應「預防保健支出與法定傳染病防治」及「教學醫院之教學成本」。
（二）95年本署公務預算亦編列42億元，用以支應原屬健保給付範圍之預防保健（包含子宮頸抹片、乳癌篩檢、兒童預防保健及孕婦產前檢查）及法定傳染病防治費用（包含後天免疫缺乏症候群之治療檢驗費、結核病相關醫療費用及老人流感診察費）。
（三）96年本署公務預算再編列75.74億元。除維持上年度原有之法定傳染病及預防保健經費之外，另並增加13.27億元，用以支付新增加之成人預防保健、牙齒塗氟及結核病防治費用，合計55.27億；至於教學成本部分，亦已編列20.47億元。
（四）97年以後，每年公務預算均依前述原則編列相關費用。