確保國人飲食安全是本署「最重要且唯一」的考量，本署及財政部、經濟部、農委會所共同制定之三管五卡政策，就是要管源頭、管邊境、管市場；且要透過核、標、開、驗、查等五道關卡，來確保進口牛肉產品之安全。自宣布執行以來，也證實三管五卡措施，的確可有效阻絕民眾有疑慮之產品輸入。
少數民眾質疑政府制定之三管五卡措施無法確實保障國人飲食安全，然事實證明，自11月2日本署宣布開放美國牛肉產品進口後，迄今不但沒有任何絞肉、內臟進口，甚至連帶骨牛肉也沒有進口。可見三管五卡不但可將民眾有疑慮的部位有效阻絕於邊境，甚至可阻絕於境外。
當然仍有少部分民眾擔心政府是否能持續執行三管五卡措施，本署尊重並贊同立法院修正食品衛生管理法，將三管五卡之精神與措施納入修法內容，同時也將國際規範融入法規精神。
台灣是國際社會一員，也是世界貿易組織的一員，不論輸出或輸入，都應遵守國際貿易規範。政府不僅要嚴格把關進口產品，同時也要讓我國廠商之產品能順利出口，以爭取相關產業的生存空間，當然也不希望其他國家污衊我國的產品或採取不合理的管控措施，阻撓我國產品出口。
以我國輸歐盟漁產品為例，歐盟要求我國政府查核出口廠商之管制生產、運輸、加工等所有階段是否符合HACCP等標準，並採系統認證方式，接受我國政府所提供之合格工廠名單及相關證明文件。只要是符合標準之產品即可輸銷，歐盟並不會以不具科學評估之標準，要求我國產品需要”零檢出”。
另我國蛋品及肉品輸銷新加坡，新加坡政府也是依照國際規範，接受我國衛生署及農委會的管理查核體系，由我國政府確認工廠執行HACCP及GHP等情況，於每一批輸出產品，提供我政府衛生證明文件後，即可輸入該國。也就是說，不論歐盟、新加坡或任何國家，都接受以科學性風險評估確認安全無虞之產品輸入，我國產品也不會因含有容許限量之防腐劑、動物用藥等而被視為”毒魚”、”毒肉”或 ”毒食品”，當然，我們也不應該恣意將”毒牛”等措詞或不合理之管控加諸於國際組織認定安全的食品上。