由於目前國光、諾華二廠牌H1N1新流感疫苗數量充足，指揮中心決定1月9日起民眾可於各合約醫療院所選擇疫苗廠牌。
疾病管制局於1月6日上午與全國各地方衛生單位經過充分討論，決議由於疫苗重新配置至各合約醫療院所相關準備作業須進行，故自1月9日起方開放選擇廠牌；另國小三年級(含)以下需接種二劑之兒童與嬰幼兒，考量接種兩劑不同廠牌疫苗之有效性與安全性尚無明確科學數據，故以接種相同廠牌為原則。
依據最新H1N1新型流感疫苗到貨情況，目前全國國光疫苗以及諾華疫苗之結存量分別為189萬劑以及169萬劑，庫存量充足且二廠牌數量相當。