對於外界部分人士質疑衛生署未獲邀出席本（第126）屆WHO執委會，恐將影響我國本（99）年5月份出席世界衛生大會（WHA）乙事，衛生署之說明如下：
世界衛生組織本年元月18日至23日，假瑞士日內瓦舉行第126屆執行委員會（以下簡稱「執委會」）。世界衛生組織總共有193個會員國，僅有34國為執委會成員。執委會成員國，係由六個區署分別提名，然後由WHA通過任命。WHA可說是每年要召開一次的全體股東大會，執委會則是董事會，每半年召開一次。因此，即使是世界衛生大會的觀察員，如教廷、馬爾他騎士團，皆在取得世界衛生大會觀察員身分後，三十年才獲邀出席其執委會。
我國係於去（98）年甫成為世界衛生大會觀察員，比起各會員國及其他觀察員，參與世衛資歷甚淺，然秉持一貫的務實參與、回饋國際社會原則，我國仍將積極爭取參與世界衛生組織相關之會議、機制及活動，並且獲致以下進展：衛生署之疾病管制局透過國際衛生條例（IHR）聯繫窗口，逕與世界衛生組織聯繫，並通報該組織H1N1新型流感疫情資訊達數十次、亦曾參加該組織舉辦的H1N1新型流感視訊會議及其生物安全訓練，我方並於近日接獲世界衛生組織邀請推薦專家出席 H1N1新型流感疫苗臨床試驗會議。另外，我國於去年向世界衛生組織所推薦之專家名單，已於98年年底獲得世界衛生組織正面回應；以上這些進展，是過去未成為觀察員時所沒有的，而這些實質的參與，對我國衛生防疫、保障全民健康，皆具有重大且實質的幫助。
至於我國是否能夠繼續出席本年5月舉行的第63屆世界衛生大會，本署相信在朝野的努力及國際社會的支持下，對於參與本年世界衛生大會，應該仍然審慎樂觀。
世界衛生組織是我國在睽違國際組織38年之後，第一個參與的聯合國所屬之專責機構，我們要再強調的是，即使我國此次未獲邀請出席該執委會，但是未來我國仍會持續爭取務實參與世界衛生組織相關機制、會議及活動，而且一切審慎樂觀。