健保開辦迄今已滿15年，財務問題日趨嚴重，歷年所採各項開源節流措施已是窮盡所能，健保局決定未來每一季對大眾公布財務狀況，讓國人瞭解也可以一同監督。
依照健保法的規劃，健保財務以保費收入為主，並且每兩年精算一次，每次費率調整以五年平衡為目標，但是自從民國91年調整費率以來，至今都是以調高投保級距、增加菸捐挹注、提高部分負擔等方式在支撐健保財務。截至98年12月底止，健保收支累計短絀已達588億元，向銀行融資利息累計已達70億元，若不進行任何調整，預估至99年底，短絀數將擴大為1,015億元，將會嚴重影響到健保的永續經營。
健保局分析收支缺口擴大的原因，近兩年受金融風暴的影響，薪資自然成長的速度近乎停滯，98年僅成長11億元，即使加上98年菸品健康捐調整的挹注，保險收入亦僅增加7億元，成長率0.17%，遠低於98年保險支出成長率4.56%，雖然我國實施總額支付制度，醫療支出成長率已低於大多數歐美的國家，惟為了維持一定的醫療服務品質水準，及面對人口老化快速、慢性病患增加、重症及醫療科技進步的需求，財務收支入不敷出的窘況將日益加遽。
這次的費率調整方案，因為已經累積數年的短絀，壓力比較大，短期內，衛生署希望以達到當年平衡的費率調整為目標，由健保費協會與監理會共同決定要下一年度的總額額度，即可算出當年的平衡費率並據以執行，每年所面對的財務壓力相對比較小，未來仍以推動二代健保，擴大以家庭所得為費基，增加保費收取的公平性為目標。
針對近日監察院的糾正案，健保局表示，近期將持續加強對特約院所的申報稽查外，並研擬加重對違規申報的處分，進一步遏止少數不肖醫療院所的違規行為。健保局將來會每季公布健保的收入、支出與融資利息等資訊，讓全國民眾共同來監督健保局，也讓大家為健保的永續經營共同努力。
「健保財務收支曲線圖」、「健保保險收支餘絀表」、「健保財務預估－至101年」詳如附件
附註：健保財務相關說明資料請參考健保局全球資訊網(http://www.nhi.gov.tw)之「健保好　健保不能倒」專區