本署依法向行政院呈報調整全民健保費率方案（健保法第20條及67條），以穩定全民健保、保障弱勢、落實庶民經濟，以避免貧病交迫（方案如附件）。本方案採單一費率，將費率調整至5.09％，且政府的保費負擔最多（政府負擔39％、雇主負擔37％、被保險人負擔24％），透過政府的專案，約有1,360萬人（59％人口）的保險費將不受影響。
調整的幅度係採當年收支平衡為原則。每年健保支出總額係主要由付費者代表、醫界代表及政府代表協商決定，其總額理應換算為費率收取之，以達到收支平衡。
該方案，第6類人口（在鄉鎮公所加保之地區人口）配合費率調幅，同步調整保險費，但由政府專案補助其99年自付保險費新增之差額(設排富條件，綜合所得稅率超過6%者不予補助)，受惠人數241萬人；第4、5類（軍人及低收入戶）皆不調整，另原由政府全額補助保險費之弱勢民眾亦不受影響，合計受惠人數138萬人；低收入邊緣戶的保費負擔，已於98年6月由政府專案補助其應自付健保費的1/2或是1/4，約有67萬人保費因此減輕；第1~3類被保險人（一般受僱者、雇主及職業工會會員）投保金額在24,000元以下者，亦由政府專案補助其99年自付保險費新增之差額(受惠人數964萬人)；以上因政府補助而保費負擔減輕或是不受影響者，合計1,360萬人(占總保險對象59%)。
近年來因著下述因素，使醫療費用快速增加：
1.人口老化：台灣地區最近十年以來，65歲以上老年人口，共增加38％，這些保險對象每人每年平均醫療費用，約為其他人的4.6倍。
2.人口增加：雖然生育率逐年下降，但每年人口仍增加5-7萬，每年增加約需近20-30億。
3.重大傷病及罕見疾病人口增加：近10年從35萬人增加至79萬人（1998-2008），費用成長200％以上。
4.新增藥品與醫療科技：各界強烈要求提供昂貴藥物（治療B型、C型肝炎、標靶藥物治療癌症等），藥費每年支出高達362億元。
費率自2002年9月起不變，支出每年累計增加，故雖多次微調及菸捐挹注，仍造成至98年度近600億的逆差，今年度將達千億元。
近年已執行之開源節流措施：
1.藥價大幅調降：近年共達300億以上。
2.推動整合性照護：多重慢性病一次診治。
3.實施DRG住院支付制度：今年起分5年導入，以提升品質及控制費用。
4.地方政府償還欠費：已全部或分期5-8年內償還。
5.嚴格處理違約及違法：依法罰款甚至停約及撤消醫師證書。
總而言之，全民健保雖有若干不盡理想之處，浪費也未能完全消除，有待持續努力，但仍為各國稱許，世界首屈一指的優良制度。M型社會之貧富差距過大，失業率仍未大幅下降之際，健保的穩固才能照顧弱勢民眾，維持全民健保水準，而這正是庶民經濟的核心措施。
健保財務的調整及二代健保修法為本人應允擔任及續任署長乙職的重要理念，亦蒙劉前院長及吳院長的支持允諾，期間雖因莫拉克颱風、美牛及H1N1疫情而無法依預定期程在98年度實施，現依健保法規定提出調整方案，若蒙核定，最早可自次月1日起實施；至於考量全民健保的長治久安，亦應立即展開修法行動，以利健保制度的賡續。