為讓民眾能輕鬆地列舉申報健保費，本局除了4月中旬完成第六類被保險人98年度健保費繳納證明的寄發之外，在各鄉（鎮、市、區）公所、各地健保業務組或聯絡辦公室，以及本局全球資訊網的多憑證網路承保作業平台，亦提供申請補發第六類被保險人繳納證明的服務。
再者，財政部在今年5月報稅期間，首度開放民眾查詢健保費、其他險種保險費、購屋借款利息及大專以上院校的教育學費等扣除額資料。屆時在各公司(行號)和鄉（鎮、市、區）公所加保的民眾(即本保險第一類和第六類被保險人)透過綜所稅電子結算申報軟體，可自行下載健保費，或親至國稅局所屬分局、稽徵所服務櫃台查詢健保費，並且民眾只要依查詢的健保費申報扣除，即可免檢附繳費單據。倘若民眾透過財稅單位資訊平台查詢之健保費與自行蒐集之健保費不符，則請檢附自行蒐集的繳費單據或繳納證明書正本列舉申報。
此外，由於今年首度試辦，在工會、漁會、農會或水利會加保的健保費，尚未列入提供查調之列，所以仍需請民眾自行檢附工會、漁會、農會或水利會所開立的健保費收據/證明列舉申報，以免影響自身權益。民眾若有相關疑問，可逕上各區國稅局網站查詢或就近向轄區國稅局分局、稽徵所及本局各分區業務組洽詢。