本年5月10日自由時報A4版刊載以「我虛有參與WHA觀察員身分」為題，指稱有前外交官向該報透漏，我國自從去年成為WHA觀察員後，這一年來包括區域會議（九月份西太平洋區署會議）及部長級會議，都是台灣可參與的，但台灣卻沒有派人參加，台灣觀察員之身分淪為「虛有身分」。針對以上幾件事，衛生署之說明如下：
基於照顧臺灣2,300多萬人民健康福祉基本責任，政府自從1997年起，賡續積極推動參與世界衛生組織（WHO）。且經審慎評估，應以成為世界衛生大會（WHA）之觀察員作為爭取主要訴求，係多年來朝野共識，而且此項作法亦已獲得美國及日本等主要國家公開支持，實在係現階段最務實、最可行之目標，即使歷經政黨輪替，此項訴求一直深獲民意、朝野及國際的支持。
本署一再公開表示，以觀察員身分參與WHA，只是我們推動參與WHO之初步具體進展，也是現階段務實之作法，且本署也努力善用WHA觀察員地位，循序漸進積極與其他之國家進行醫衛交流，逐步強化我在全球醫衛合作體系中之地位與重要性，正努力藉由存在及參與，逐步擴大及提昇與其他國家互動。
在務實參與的部分，我國從95年至97年間，技術性之會議每年大約參與2-4次，98年迄今，我國則已參加7次專家會議，而且被WHO納入「國際衛生條例」(IHR)執行體系，經由IHR機制與WHO順暢聯繫，獲邀參加WHO有關H1N1會議及電話會議，以及其他技術性會議與訓練計畫，取得H1N1新型流感疫苗株及病毒株，使我國能自行產製H1N1疫苗，以上這些成就，都是我國未成為觀察員時代所沒有的，尤其這些相關進展，皆有助於我國即時取得各國第一手之疫情資訊，強化我國防疫體系，並即時因應，以保護國人。
有關未能參與去年9月份之西太平洋區署會議（WPRO）乙節，據了解該會議有其內部審核程序及議事之規則，我國去（98）年雖曾表達參與意願，然在各國忙於處理H1N1新流感疫情的情況下，各方未及在開會前達成共識，本年我國仍將持續積極凝聚各方共識，爭取參與區署會議，以及其他相關之會議與活動；至於其他部長級會議等，也是我國未來努力目標。然而，台灣離開聯合國之體系業接近40年，去年甫以觀察員之身分出席WHA，年資尚淺，經驗不足，我國參與WHO的會議、機制及其活動，確實仍有許多待爭取之空間，政府將不會以能成為WHA觀察員為滿足，而會繼續不斷努力，讓參與WHO之推案能深化及廣化，以符全民殷切期待！