過期藥品之處理為整體用藥安全極為重要之一環，本署曾於93至94年推動「社區認養藥事服務計畫」執行居家訪視，結果發現民眾普遍具有儲存剩餘藥品的習慣，為避免藥物囤積，降低民眾家庭用藥風險，本署復於95至96年補助辦理「家庭用藥總檢查」計畫，分別在373家社區藥局，設立「家庭用藥總檢查站」，讓藥事人員於社區扎根，協助民眾用藥管理，並協助民眾處理家中過期或變質之藥品，該計畫調查發現，有40%民眾認為看病就要拿藥，35%民眾會續用之前留下的藥品，用藥安全觀念仍必須再教育，而回收最多藥品為感冒藥，其次為腸胃藥。
復查美國食品藥物管理局(FDA)之建議，大部分的藥品都可以當成家庭垃圾處理，而美國食品藥物管理局(FDA)與白宮國家藥物管控政策署(ONDCP)共同研擬之「指導消費者適當處理藥品的指南建議」指出，藥品丟棄前，應遵守藥品標籤或藥品所附之患者資訊的指示處理，除非有明確指示，否則不應將處方藥品丟入馬桶沖掉；若未附任何處理指示，則可將藥品當作家庭垃圾處理，丟棄前並須注意勿讓兒童或動物隨意取得廢棄藥品。
未來本署仍將持續宣導正確用藥觀念，結合社區藥局藥師協助民眾處理家庭廢舊藥品，教育民眾於就醫後所攜回的藥物，必須遵照醫師指示按時服用，以減少藥物之浪費，同時，進行藥品檢查及用藥安全之宣導，期望透過醫藥專業合作，提升民眾正確用藥觀念，減少藥物浪費，珍惜健保資源。又為進一步暸解其他國家對廢棄藥品之處理方式，本署今（99）年亦規劃進行家庭廢舊藥品環境毒性評估研究，該研究將邀集環境保護及藥學等專家討論，針對我國廢舊藥品提出建議分類、處理方式與可行之方法及策略，以明確各類家庭廢棄藥品之後續處理。