行政院已原則同意衛生署疾病管制局提報之「我國因應流感大流行準備第二期計畫」，疾管局表示該計畫係為因應H1N1新型流感防治及未來流感大流行整備之需，計畫內容延續第一期計畫未完成工作，並參考世界衛生組織公布之「流感大流行準備及應變指引」，同時納入我國H1N1新型流感疫情處置經驗。
第二期計畫自99年6月1日起至104年12月31日，為期5年半，計畫執行內容主要針對流感大流行前之準備階段，包括：增加大流行戰備疫苗及抗病毒藥劑之儲備量；提升傳染病醫療照護之品質及量能，維持個人防護裝備之安全存量；加強風險溝通，結合社區資源，建立全民疫病防治架構，以達降低新流感病毒所造成的死亡率、經濟損失及社會衝擊。相關策略涉及經濟部、教育部、內政部、國家通訊委員會、新聞局等部會及各縣市政府。
第一期計畫於94年5月23日奉行政院原則同意，計畫期間完成傳染病防治醫療網及中央流行疫情指揮體系等防治工作基本架構，包括抗病毒藥劑及口罩等防疫物資之儲備，以及辦理各項演習、系統性進行衛教宣導、整合社區防疫人力、積極進行國際合作及建立各項防疫應變機制等。於98年春季全球爆發H1N1新型流感疫情之際，即能藉由一期計畫建立之基礎架構下迅速啟動防疫作為，如完備之邊境管制措施，即時因應，在41個國家出現9,830例確定病例(其中79例死亡)後，至5月20日始出現第1例境外移入之確定病例，後續並依既有之準備工作進行應變，有效降低其對國內社區可能造成的威脅。
第二期計畫請參閱疾病管制局網站（http://www.cdc.gov.tw）之流感防治專區。