衛生署食品藥物管理局統計全國各縣市政府衛生局截至99年9月17日止，於各轄區抽驗市售月餅等中秋節應景食品，共抽驗至少1500件產品，有15件檢驗結果不符合衛生標準，合格率高達99%以上。
今年中秋節，各地方衛生局抽驗之食品，除包括月餅類之食品如月餅、蛋黃酥、鳳梨酥等成品外，尚包括各種月餅餡、烤肉用品、休閒食品、蓮子及乾貨等，檢驗項目包括微生物、防腐劑、人工甘味劑、漂白劑及色素等。
衛生署食品藥物管理局及各縣市政府衛生局，除平常針對輸入及國產之食米、農產品（蔬菜水果）、素食、糕餅、花生製品及嬰兒輔助食品等主要食品，進行源頭管理及稽查抽驗，並於年節，加強對年節食品之抽樣檢驗，讓全國消費者吃的安全、吃的健康。食品藥物管理局局長康照洲並提醒民眾，不要購買誇大不實或來路不明的產品，以免健康及權益受損。