凡那比颱風重創高雄縣市及屏東縣，受災地區居家衛生環境惡劣，可能引發腸道傳染病、鉤端螺旋體病、類鼻疽及登革熱等疾病。爰此，衛生署楊志良署長與環保署沈世宏署長今日(9/21)協同南下高雄岡山實地勘查，指示相關單位務必全力協助災後垃圾清運以及環境消毒，並落實各項災後防疫工作，針對災後相關可能引發的傳染病進行嚴密監控。
南部部分地區積水尚未消退，水患災情極為嚴重。衛生署呼籲民眾，水災過後，要特別注意飲用水及食物衛生，飲用水要徹底煮沸或飲用包裝水，且食物要充份煮熟，便後及食用食物前要確實洗手；清理家園時，務必穿著雨鞋或防水長靴、配戴防水手套及口罩等個人防護措施，工作完畢或裝備卸除後，仍應以清水及肥皂洗手。如出現發燒、頭痛、嘔吐腹瀉、肌肉關節痠痛等症狀，請盡速就醫。

衛生署並提出環境清潔消毒方式提供民眾參考：
一、廚房用具及餐具之消毒：餐具應以煮沸處理，不能煮沸者，用含氯200ppm（每十公升水加入市售家用漂白水約40cc）之水溶液浸泡三十分鐘。
二、室內之消毒：地面、牆壁、廁所、浴室、廚房及臥室打掃乾淨後，以含500ppm（每十公升水加市售家用漂白水約100cc）之水溶液充分洗刷。
三、庭院、水溝及其他潮溼處所，要在垃圾清除及打掃清潔後，再進行環境消毒，以含1,000ppm（每十公升水加市售家用漂白水約200cc）之水溶液加以噴灑消毒，噴灑時請注意保護眼睛及皮膚。

衛生署也提醒民眾清理家園時，應同時注意清除室內外所有積水容器、垃圾及廢棄物，以防止蚊子、蒼蠅、蟑螂等病媒昆蟲孳生，以防止病媒蚊孳生，降低登革熱等蟲媒傳染病發生的風險。