行政院衛生署針對媒體報導內、外、婦、兒科醫師四大皆空之誇大報導表示，專科醫師制度實施二十多年以來，已有效提升專科醫師人力之成長，並達成強化醫師臨床訓練品質之目標，又為平衡各專科醫師之人力分布，該署已自91年開始實施專科醫師容額管制計畫，要求訓練醫院按照核定之各專科醫師訓練容額，招收每一年度住院醫師，以調節各科之醫師人力，並無報載內、外、婦、兒四大科醫師人力不足之供需失衡問題。
依據衛生署證書核發情形顯示，近5年(94-98年)西醫師證書核發人數成長率為11.55%，各專科醫師平均成長率為16.95%，其中內科成長率為15.25%、外科11.02%、兒科16.76%、婦產科5.35%；另查近年住院醫師招收情形，內科、外科及婦產科，三科均有提升，95-97年第一年住院醫師之招收率，內科由90%提升至94%，外科由65%提升至82%，婦產科由57%提升至63%，至於各科醫師人力成長速度之所以有差異，乃係民眾醫療需求改變所致。
至於報載內、外、婦、兒四大科之住院醫師實際招收人數，與專科醫師之容額核定人數出現相當差距乙事，係因各專科醫師容額核定人數，為衛生署與專業團體協商討論後擬定之結果，為符合供需彈性空間，其人數自然多於我國每年醫學系畢業總人數，絕非該等科別人力出現負成長。又為使各專科醫師容額貼近住院醫師實際人數，衛生署已委託相關機構，就各專科醫師需求人數進行評估，並且將近一步就各專科容額之彈性空間，進行通盤檢討及必要之調整，使更接近每年醫學畢業生之員額數。