梅姬颱風造成台灣東半部和北部，宜蘭縣等地區淹水嚴重，該局呼籲淹水地區的民眾災後務必注意飲食、用水衛生及加強環境清潔與消毒，防止腸道傳染病、鉤端螺旋體病等之感染。
依據監測資料顯示， 98年莫拉克風災過後，僅8月至9月間南部災區，就發生150餘例鉤端螺旋體病確定病例，其中1例死亡，相較於前三年平均整年40餘例落差極大，顯示鉤端螺旋體病是水患地區需嚴防的傳染病。疾管局提醒民眾於災後清理家園時，務必做好手部、腳部防護，避免感染。
鉤端螺旋體病是由鉤端螺旋體感染產生的疾病，是熱帶、亞熱帶地區常見的人畜共通感染病，在我國被歸類於第四類法定傳染病。病原可經由傷口感染幾乎所有的哺乳類動物，包括野生及家畜動物，主要宿主有老鼠、犬隻、豬、牛、馬、羊等動物，動物感染鉤端螺旋體後，造成腎臟慢性感染，並且經由尿液大量排菌，污染水及土壤，進而感染人類。每年夏天為鉤端螺旋體病之高風險季節，尤其在風災水災過後，民眾接觸污水污泥而遭到感染的機會相對的增加。疾病管制局呼籲民眾清理家園環境時，務必穿著雨鞋或防水長靴、配戴防水手套及口罩等個人防護措施，工作完畢或裝備卸除後，仍應以清水及肥皂洗手。老年人、身體衰弱、免疫功能不佳、慢性病患者（糖尿病、心臟病、高血壓、癌症及酒癮者等）及皮膚外傷者，應避免直接暴露於污水或淤泥。如有出現發燒、頭痛、肌肉痛、腹痛、腹瀉、黃疸、倦怠或其他身體不適的症狀，請儘快就醫。就醫時務必告訴醫師居住地區及污水淤泥暴露史，以利診斷。
民眾若有災後防疫相關疑問，可聯絡各縣市衛生局或撥打免費民眾疫情通報與諮詢專線1922洽詢。