近日，台灣醫院協會建議本署不應將「指定醫師費」列為不得另收費用之項目乙節，本署說明如下：
一、 醫療院所收取指定醫師費，對院所而言，雖其為全民健保給付費用以外的收入，但對民眾而言，接受全民健保醫療服務，除掛號費及部分負擔外，還需額外付指定醫師費等，易影響醫病間的信任，且不利於未來全民健保財務調整與年度總額預算之協商。
二、 若同意院所收取指定醫師費，對於經濟相對弱勢民眾之就醫可近性，將造成影響，並可能擴大醫療服務之城鄉差異，使部分醫療院所因病患多數經濟能力有限，無法收取指定醫師費，而造成院所間的收入差距更加擴大。一旦這種現象普遍化，為確保醫療服務之公平性，未來總額勢必須重新考量資源配置，增加對於偏遠地區之投入、減少都會或一般地區之支付，讓健保在資源分配方面又增加許多複雜變數與壓力。
三、 全民健保之費用占整體醫療保健支出達六成以上，健保費率的調整與年度總額的協商，影響醫療院所收入甚多。過去，即使在健保財務危機下，本署為顧及民眾就醫需求、醫療體系的運作及醫療品質，皆在財務短絀的壓力下，擬訂年度總額範圍並考量合理之成長率，收入不足之處，則向銀行借貸支付，以維持整體醫療服務體系的正常運作，及健保財務平衡；又，在前兩年整體經濟成長大幅衰退情形下，仍盡力維持健保總額一定之成長率（如下附表），以因應在人口快速老化、醫藥科技發展下，滿足民眾的醫療需求。若醫界持續收取指定醫師費，除將增加民眾就醫負擔，亦會影響多數民眾公平就醫權益，使該項額外收入，反而增添日後全民健保年度總額協商的複雜性，及付費者代表的質疑；又，未來健保費調整，更難獲得民眾的認同與支持。這對全民健保制度及醫界皆是不利的。
四、 醫師有選擇執業的自由，民眾也有選擇醫療提供者的自由。因此醫界可以選擇不參加健保，只收自費病人，民眾為指定名醫，也可選擇自費就醫。然衛生署當盡力、努力，在大家的支持下，讓大多數民眾得以接受全民健保的照護。
五、 以（全民）國民教育為例，家長是否可向國中、小學指定名師，給予額外指定教師費？國中小教師是否可以在校內收取額外個別教學費？如果教師不滿意公立國中、小學待遇，可以到私校或補習班當名師，家長對公立國中小學的教學不滿意，可以將子女送到私立中、小學就學，每學期需數十萬學費，然而教育當局仍要努力維持國中、小的水準，讓多數家長子女可接受政府提供的國民教育。