健保局為照顧國家未來主人翁，並回應兒科給付偏低之議題，歷年來在兒科醫療費用持續加成給付，重點摘要說明如下：
自84年健保開辦以來，針對6歲以下兒童之急診及住院診察費、住院護理費、檢查、處置、手術及麻醉費等支付項目予以加成20%~60%不等，97年起2歲以下兒童就醫，門診診察費得加成20%，健保因本項加成每年增加支出5.69億點，98年更將本項加成提高至3歲以下兒童，每年增加支出2.18億點，預計於100年時本項加成將再提高至4歲以下兒童。
另99年實施之全民健康保險住院診斷關聯群(DRG)支付制度相關規定中，兒科的診療項目皆有一定比率的加成，係將實施前的兒科費用成長15％後(預估約0.48億點)，並依年齡層及DRG類別訂定其加成比率，其中最高可加成至91％，且99年醫院總額亦編列1億點作為調整新生兒中重度病床護理費、新生兒中重度病床診察費及嬰幼兒處置費之用，其中新生兒中重度病床護理費依原支付點數調高17％，新生兒中重度病床診察費調高6％，部分嬰幼兒處置費如新生兒光線治療、嬰兒保溫箱及嬰幼兒抽血等依原支付點數調高30％-37％不等。
考量發展遲緩兒童之早期療育所需花費的時間及人力較一般成人為高，健保局於99年11月11日召開之「全民健康保險醫療給付協議會議」獲得通過，將於支付標準復健治療及精神醫療治療費通則新增兒童加成，年齡在未滿二歲者支付點數加計30%，年齡在二(含)歲至六歲者，支付點數加計20%，總額編列2.31億預算，預估全年受益兒童8.7萬人，預定於100年實施，以提升發展遲緩兒童之醫療照護品質。