行政院衛生署基於公平、合理、穩健的理念，推動二代健保，並在永續發展的原則下，照顧全民健康與福祉：
1. 全民健保需要全民共同支持，鼓勵有負擔能力的被保險人共同參與。所謂每人基本保費，原即為行政院之主張。
2. 無論一代或二代，照顧弱勢不遺餘力。
一代健保好的制度仍會延續，包含現行各級政府針對弱勢民眾之保費補助及就醫保障仍將繼續維持，目前已有290餘萬人接受補助；故農漁民若屬弱勢者，皆會得到補助，至於非屬弱勢者，保費亦由政府補助七成，其目前每月健保費3百多元，每年不到4千元，但平均卻能享有2萬餘元之保險給付，實已受到政府之照顧。因此，非考量經濟能力的保費免除方式，並不符合全民健保量能負擔之精神。
3. 擴大費基，降低費率，減輕受薪階級負擔，本來就是二代健保的基本原則。
4. 二代健保依家戶總所得計費。
二代健保既以家戶總所得為保險費計費基礎，在論戶計費制度下，未成年無且所得者因納入戶內計費人口，等同不用繳費。
5. 民粹喊價，不是正常問政之道，政府負擔不得低於36%，已是辦理社會性健保國家中最高者，並予入法，是協調共識，如再以競價方式喊出40%，又無計算根據，心態可議。
任何改革都應採取漸進性，目前民眾整體負擔比率約為38.8%，根據推估，實施二代健保後，此一比率將下降至36.4%，若再大幅降為30%~33%，不僅危及健保穩健經營之根基，亦將大幅增加雇主及政府負擔，並排擠其他政事支出，對民眾未必是一種福祉，不是務實的表現，更非負責任之作法。
6. 參照其他社會保險，就是避免加重受薪階級負擔。
以享有現金給付之其他社會保險投保金額為其參加健保基本責任之概念，於健保現制已存在，非二代健保所獨創，基於權利義務對等之原則下，參照其他社會保險，齊一社會保險之權利義務，應屬合理，否則一方面於其他社會保險自行申報高額投保金額，另一方面卻以無申報綜合所得為由，只繳基本保費，讓保費責任大幅落到受薪民眾身上，並不符合社會公平正義。國內未申報所得稅之家庭高達44%，姑且不論非申報戶是否有未被掌握之所得，若不課以一定之財務責任，將使大部分保費責任由中產階級承擔，國民年金保險納入所得比對基礎，除符合前述社會保險權利義務對等之原則，善盡其健保基本責任外，亦可避免中產階級負擔大幅增加。
7. 短絀歸零，不會轉嫁二代健保。
為落實二代健保收支平衡之連動機制，全民健康保險法修正草案已明定二代健保施行前之虧損，由中央主管機關分年編列預算撥補，並不會轉嫁給二代健保。
8. 地方政府欠款已提分年還款計畫。
健保局為確保地方政府欠款之債權，已將欠費之地方政府移送強制執行，查封其土地，而目前各縣市政府之欠費大都已還清，至於北、高二市及台北縣之欠費，皆已提出還款計畫，並按還款計畫償還中。
9. 公私部門退職人員，長年在職場工作，其退休所得不論一次或分次，稅法在一定金額以下予以免稅，以示矜恤，如有超額亦已繳稅，因此不宜再予課費，以照顧老年生活。
10. 儘速通過健保法，強化資訊公開，是衛生署一向的主張；醫療收據載明相關明細，也是醫療法施行細則已有的規定。
11. 政府的負擔，其實就是全體納稅人的負擔。