「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」已於昨(21)日於台北簽署，衛生署為落實該協議之執行，參考過去已簽署之四項協議中工作組之設計，於該協議中，納有工作組，其任務為商定並研擬具體工作規劃與計畫、指定聯繫窗口、通報及交換資訊、協調及評估工作執行情形。工作組為非常設組織，其成員為各合作領域相關業務主管單位人員。工作組所擬訂之工作規劃及執行結果須由業務主管機關核可，必然受行政體系規範，絕不會超過業務主管機關的權責，也不會逃避立法院之監督。
大陸中藥材、加強品質安全把關
國內中藥材九成來自大陸，為了保護國人用藥安全，及保障消費者權益，目前中藥材品質安全管理，係採邊境(海關)抽驗及市場檢測，為致力於完備中藥材之品質安全管理，在「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」簽署後，將進行源頭管理(境外管理)，即我方對於中藥材的相關檢驗標準，提供陸方的檢驗機構及廠商，並要求廠商出口時，應出具符合我方標準的檢驗合格證明文件，方能辦理出口。至於檢驗合格證明文件之出具，需經我相關主管單位確認，目前將由大陸官方的質檢總局，出具證明文件，因此，並不會有外界認為可能被特定檢驗機構壟斷的疑慮。因此，邊境(海關)抽驗及市場上的檢測，再加上源頭管理(境外管理)機制的建立，三層把關，對消費者權益的保護，將大幅提升。
兩岸醫藥品必須符合國際標準規範
兩岸醫藥衛生合作協議中明定，雙方同意在醫藥品安全管理公認標準「國際醫藥法規協和會」（International Conference on Hamonization, ICH ）、「醫療器材國際法規協和會」(Global Harmonization Task Force, GHTF）等原則下，加強合作，積極推動雙方技術標準及規範的協調性，以提升醫藥品的安全、有效性。
ICH及GHTF是世界各國藥政管理機關所公認並採行的國際標準，現階段台灣在醫藥品都依循此標準，同時對於一些上市前的檢驗，以及製造工廠優良製造規範(GMP)之稽查法規，在作法上也都與國際規範一致。本協議的簽署是要在符合醫藥品安全管理國際標準的前提下逐步進行合作，不會降低我們既有的標準。對於大陸輸入的醫藥產品從上市前到上市後的審核標準，也不會因此而放寬或降低，大陸的產品要輸入台灣需依照我國的醫藥品管理規範及標準進行審核。
在協議生效後三個月內，各工作組將各自召開第一次會議，商討業務相關聯繫窗口、資訊交換和通報項目、內容、格式及頻率等事宜，並商定執行細節。