行政院衛生署食品藥物管理局自100年1月1日起，接辦原由衛生署委託經濟部標準檢驗局辦理之輸入食品邊境查驗工作。該局將秉持行政院之指示，達成業務移轉無縫接軌之目標，進一步健全輸入食品管理體制，全面提升輸入食品之衛生安全與品質，增進產品通關時效，促進產業發展生機，為國人健康謀取最大福利。

輸入食品邊境查驗工作自70年起即由衛生署委託經濟部標準檢驗局辦理。近年來，隨著我國加入世界貿易組織，國際貿易自由化且快速發展，有關輸入食品衛生安全與品質之事件時有所聞，引起全國民眾高度關切，例如：進口蔬果中農藥殘留、進口水產品中動物用藥殘留、進口花生污染有黃麴毒素及進口乳製品污染三聚氰胺等。為加強輸入食品管理，讓消費者吃得更安全、安心，行政院衛生署於99年1月1日成立「食品藥物管理局」，將輸入食品邊境查驗業務收回由該局辦理。該局已於基隆、臺北、桃園、臺中及高雄各機場及港口設立辦事處，並完成準備，將於100年1月1日開始接辦。

該局接回輸入食品邊境查驗業務後，將持續嚴格把關，加強食品輸入前源頭管理制度，建立境外、邊境與國內一元化之管理制度，杜絕黑心食品流入國內，實現「無縫接軌」之目標，開創「輸入通關無障礙」、「進口食品零風險」之願景，達成維護國民健康之使命。