針對昨(11/30)日立法委員黃淑英指「844萬劑疫苗今日報廢 衛生署燒掉22億人民血汗錢」，疾病管制局回應表示，H1N1新型流感大流行疫情難測，政府必須做最壞的打算與最好的準備，因此持續積極辦理H1N1新型流感疫苗接種政策，是本於維護國人健康的職責，也是務實作法。
疾管局指出，接種疫苗是全球公認防治流感大流行最有效的利器，該局基於維護民眾健康安全，於全球新流感大流行、各國競相爭購疫苗之際，竭力完成疫苗採購。
雖本(99)年2月因國內疫情趨緩，致疫苗有剩餘，惟依據世界衛生組織(WHO)公布之全球最新疫情訊息顯示，在當時若干東南亞、西非、中美及南美熱帶國家，新流感疫情仍有越來越活躍的趨勢，而南半球亦即將進入秋冬流感季節，巴西、印度、保加利亞等國家更陸續宣布推動大規模新流感疫苗接種，再加上美國東南部當時也出現病例增加趨勢，美國衛生單位呼籲民眾流感季節尚未結束，鼓勵尚未施打疫苗之成人接種H1N1疫苗，且依過去流感大流行經驗，後續是否再出現第三波疫情難測。因此，該局本於保護民眾健康之初衷，持續積極執行預防接種工作。
疾管局表示，WHO於本年8月10日才宣布進入「後大流行」時期，同時表示新流感病毒已演變成持續存在於環境中的「季節性流感病毒」，並指出此時期最重要的工作項目是持續監測、預防接種以及個案的處置，而預防接種的目的是為降低高危險族群之流感的發生率及死亡率，該局考量尚有部分高危險族群未接種，為保護民眾健康，故持續提供有需求民眾接種服務。
疾管局強調，辦理新流感疫苗接種是全球先進國家一致性的作法，疫苗賸餘，也是全球各國共同面臨的難題。面對未知的流感大流行，做好萬全準備以維護民眾健康安全，是政府的職責，而對於此次因應流感大流行的經驗，該局將做檢討做為未來相關防治作為的借鏡。