衛生署疾病管制局表示，面對流感疫情之威脅，政府除針對民眾進行呼吸道衛生禮節、勤洗手等一般衛生教育宣導外，每年推行流感疫苗接種政策對象比先進國家還廣，且於每年10月1日開打，可使施打對象在流行季前即可獲得足夠保護，與歐美先進國家同步，在亞洲國家中更是名列前茅；另儲備之公費流感抗病毒藥劑亦提供予流感併發重症之通報病例、易併發重症之高危險族群使用，以降低流感重症之發生率及死亡率。國內已進入流感流行高峰，該局提醒民眾應注意個人衛生及呼吸道咳嗽禮節預防流感，也可接種流感疫苗提升保護效力，如染患流感應儘速就醫治療。
疾管局表示，接種流感疫苗是全球公認預防流感最有效的方式，我國自去（99）年10月1日起開始提供65歲以上老人及安養養護機構住民、6個月以上嬰幼兒至國小4年級學童、醫事及防疫人員、禽畜業者及重大傷病患者等優先接種對象施打，至11月底疫苗使用率為8成，由於流感疫情逐漸升溫，為發揮疫苗最大效益並兼顧優先對象接種權益，故提前於11月擴大予國小5、6年級學童使用，12月1日再將結餘約15％疫苗開放予一般民眾使用，並透過多元管道鼓勵民眾接種疫苗，目前疫苗整體使用率為9成4，尚約有16萬劑（成人劑型約3.9萬劑，幼兒劑型約12萬劑）可供接種。此外，流感疫苗自費市場預估接種近30萬劑。
疾管局指出，流感抗病毒藥劑兼具流感預防與治療效果，罹病後48小時內使用最有效，目前我國儲備之公費抗病毒藥劑，包含口服、吸入劑型及靜脈注射等三種劑型，提供使用對象包括H5N1流感調查病例、流感併發重症之通報病例、易併發重症之高危險族群以及經傳染病防治醫療網正/副指揮官認可之類流感群聚事件等，非屬前述對象之輕症患者如經醫師評估須用藥則需自費使用。
疾管局提醒，國內將要進入流感流行高峰，目前主要流行病毒株為H1N1(佔陽性檢體67%)與歐洲國家流行的病毒型別相同，由該病毒在該些國家肆虐狀況來看，民眾應提高警覺並預先接種疫苗防範，目前公費流感疫苗所剩不多，請大家及時把握，疫苗如用罄，屆時民眾則需要自費施打。該局並提醒民眾平時應注意咳嗽禮節，如出現呼吸道症狀儘量不出門或戴口罩出門，避免將病毒再傳染給他人。