有關藥品物流業者調劑藥品情事，食品藥物管理局鄭重聲明，藥品物流業者必須辦理藥商登記，且須聘有管理藥師或藥劑生（藥事人員），查報載之藥品物流業者，皆已領有藥商登記；但如執行藥品調劑業務，依藥事法則必須辦理藥局登記，且藥局須有藥事人員執行調劑業務，並應符合「藥品優良調劑作業準則」，以保障民眾用藥安全。藥品物流業者調劑藥品但未辦理藥局登記，則依違反藥事法第34條處以新台幣2至10萬元罰鍰，另如有非藥事人員執行藥師業務，依藥師法第24條處新台幣6至30萬元罰鍰。
食品藥物管理局強調，已督請地方衛生局加強對於藥品物流業者調劑處方的管理，並請藥師、藥劑生公會全聯會教育會員，藥事人員應遵循藥事法及藥師法等相關規定，加強法律概念，也應善盡保護病患隱私權的義務，同時應輔導藥局，協助部份藥局備藥不足之問題，並提升社區藥局服務品質。另外，衛生署也將持續推動醫藥分業鼓勵醫療院所處方箋釋出政策，讓藥品流通在社區藥局更為健全。
依據藥師法第14條規定， 藥師對於因業務而知悉他人之秘密，不得無故洩漏，違者將依同法處新臺幣2千元以上1萬元以下罰鍰，又再次違反或情節重大者，得廢止其執業執照；必要時，並得由中央主管機關廢止其藥師證書。因此，領有藥局執照之物流業者如有洩漏病患個資之情事，不論洩密的地點為國內或國外，皆已違反藥師法的規定，最重得廢止其執業執照，甚至廢止其藥師證書。另依據個人資料保護法規定，個人資料遭不法蒐集、處理、利用時，民眾亦可提告請求損害賠償。
衛生署亦曾多次回復衛生局函詢時告知，如民眾持處方箋交給之藥局與實際調劑藥品之藥局倘有不同，須事前告知民眾，取得同意後始得為之，以保障民眾知的權益。
為鼓勵慢性病連續處方箋釋出，衛生署99年已訂所屬醫院釋出目標值，「都會型醫院」如基隆醫院、台北醫院、桃園醫院、新竹醫院、豐原醫院、台中醫院、彰化醫院、台南醫院等8家，釋出目標值為30％。「山地離島地偏遠醫院」如金門醫院、竹東醫院、南投醫院、嘉義醫院、朴子醫院、新營醫院、旗山醫院、恆春醫院、澎湖醫院、台東醫院、苗栗醫院、屏東醫院、花蓮醫院等13家，釋出目標值為15％。