「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」係於99年12月21日第六次江陳會談中簽署，同年12月23日行政院會通過，即由陸委會函送立法院，目前尚待立法院之審查，因此協議尚未生效。
協議內容包含「傳染病防治」、「醫藥品安全管理及研發」、「中醫藥研究與交流及中藥材安全管理」及「緊急救治」等四大合作領域，依據協議第四條之規定，各合作領域均會設置工作組，並於協議生效後三個月內與中國大陸開第一次工作組的會議，商定具體工作規劃。
工作組並不是常設性的組織，也不是機關，沒專職人員，更不會編預算，其組成為各個合作領域相關業務主管單位人員。其任務在商定並研擬具體之工作計畫、指定聯繫窗口、通報及交換資訊、協調及評估工作執行情形。
協議雖然尚未生效，但衛生署目前已經積極進行規劃成立工作組等協議執行相關事宜。