有關醫師納入勞基法問題，衛生署支持醫師之工作權益應予保障，惟醫師納入勞基法涉及病人就醫權益、醫師人力政策、與醫師訓練、醫學教育等問題須審慎研議，衛生署日前（5月7日）邀集勞委會、教育部、醫改會、消基會、醫學生、醫師團體及學協會等相關單位召開「醫師與實習醫學生是否納入勞基法研商」會議 。其中有關實習醫學生部分，依法非屬勞工，惟可優先考慮適用勞基法中有關技術生之規定，但基於工時認定與教學訓練之需要，實習醫學生工作權益之保障，衛生署表示仍需尊重主管機關教育部、勞委會之決定。
至於住院醫師是否以勞基法保障工作權，因涉及工時計算、值班人力與專科醫師訓練要求等問題，及應避免影響民眾就醫權益（醫院減少病床，病人候床時間延長）與醫療品質及病人安全，衛生署表示將再邀集前開各單位、團體持續溝通開會研議。另因醫院主治醫師對於病人照顧賦有全權責任，且工作具有自主性、不定性、緊急性及多樣性，工時難以釐清確定，近程仍不宜逕自納入勞基法。但對於診所受雇醫師，因工時較易釐清，衛生署表示可研議優先納入勞基法之適用。
　衛生署進一步表示在醫師及實習醫學生尚未能全面納入勞基法之前，將持續與醫學生、醫師、醫學會等團體進行研商，並優先將醫院醫師工時之限制、傷害之補償、保險條件、休息/休假規定等權益，以定型化契約方式納入醫院(教學醫院)評鑑中，以兼顧民眾就醫權益及保障醫師工作權益。