長久以來由於工業發展造成環境污染，加上受到大量使用農藥等因素之影響，源自於動、植物及礦物等天然物之中藥材，極可能被污染。因此，對於中藥材及中藥製劑可能含有有害物質之議題，本署向來十分重視。 本署已責成衛生署中醫藥委員會將上述議題納入重要公共政策上，就中藥製造業者於原料或製劑上應執行微生物、重金屬、農藥殘留之檢測標準進行研商，廣徵各界意見，以訂出管理標準。該會於去（95）年即委託學術單位承辦「濃縮製劑品質再提升之相關研討會」，並於近年年度研究計畫中納入相關議題徵求；亦於96年8月22日及8月29日邀請製造廠、專家學者及相關公、協會等共同研議濃縮製劑品質再提升及上述相關議題，廣徵各界意見。 該會議初步建議，先請台灣區製藥工業同業公會、台灣區中藥工業同業公會、中華民國製藥發展協會、中華中草藥生技發展協會，先提出濃縮製劑微生物、重金屬、農藥殘留限量標準之共識版本送本署中醫藥委員會，並再行邀集相關學者討論，並廣徵各界意見。 由於上述公協會已來函提供建議版本，本署將進一步對濃縮製劑可能含微生物、重金屬、農藥殘留之問題加強管理，並制定檢測標準。本署中醫藥委員會將於近日內召開第三次「研議濃縮製劑含微生物、重金屬、農藥殘留之限量標準會議」，除將相關公、協會建議之檢驗項目及數值納入制定政策之參考外，並將搜集歐美等先進國家已實施含微生物、重金屬、農藥殘留之限量標準數值，儘速訂出一合理之管理規範，使消費者用藥更為安心。 此外，本署中醫藥委員會並依行政程序，陸續於民國93年1月13日公告「杜仲等七種中藥材之重金屬限量標準及其相關規定」（附件一）、民國95年10月26日公告「中藥製劑污穢物質限量標準、碎片劑微生物限量標準」（附件二）及民國95年11月10日公告「中藥藥材污穢物質限量標準」（附件三）之管理規範。