行政院發言人孫立群今（31）日表示，毛院長關切登革熱防疫工作，今天早上已召集相關部會進行了解，毛院長責成衛福部及環保署於本周內召開跨部會協調會議，邀集專家學者以擴大參與的方式，針對短期可做的防疫措施，共同集思廣益。
衛福部指出，由於臺南與高雄流行的型別不同，目前觀察到的主要仍是境外移入造成的本土疫情，但由於環境與氣候的改變，讓防治的工作需加倍努力才能控制下來。毛院長特別表示，後續中長期的防疫工作更為重要。
有關中央、地方防疫作為，衛福部指出，臺南市於成立地方指揮中心之初，中央即由?福部、環保署、國防部，固定派員出席，就近協助。中央則以應變小組方式，每日上午召集會議，密切監測疫情發展，並成立各部會聯繫窗口，加強協調工作。疾管署郭旭崧署長並於8月6日至臺南指揮中心評估，有關的協調溝通均相當順暢，目前以應變小組方式進行疫情管控，故續以應變小組方式進行。
衛福部指出，因應登革熱疫情，中央已由四方面著手協助地方。在「提升病例偵測效能」方面，包括醫療院所訪視、提供快篩試劑等；疾管署也成立「登革熱醫療支援隊」，提升登革熱個案臨床處置品質，減少重症與死亡個案。「整合調度防疫資源」方面，國防部每日支援60至70人、衛福部調度熱煙霧機，協助臺南市緊急化學防治。
衛福部進一步表示，在「加強民眾衛教溝通」方面，透過記者會及新聞稿等多元管道，提醒民眾預防措施。「協同地方政府共同防疫」方面，疾管署除參加臺南市指揮中心會議，提供防治專業建議，每日並派員5組，督導臺南市各項登革熱防治工作。
因目前正值學校開學期間，教育部指出，該部於今年6月起7次函文各級學校，並於8月25日發布新聞稿，提醒各校應落實登革熱防疫作為，平時應指派專人進行校內環境巡檢、進行教職員工生防疫衛生教育宣導；暑假期間、午後雷雨、風災過後、開學前更要加強巡檢校內環境有無積水，如有積水應立即清除，不必要的容器減量等，確實落實「巡、倒、清、刷」，以減少登革熱病媒蚊孳生。
環保署表示，為監控登革熱疫情，103年環保署總計補助高雄市新臺幣1,000萬元因應辦理登革熱防疫，今（104）年臺南市亦提報相關計畫中，環保署已成立「環保署登革熱孳生源清除指揮中心」，加強針對登革熱疫情嚴峻地區內的戶外、機關及學校周邊進行稽查，並督促地方環保機關依「清除孳生源為主，緊急噴藥為輔」的防治原則，加強辦理戶外孳生源清除及依法查處工作。