新南向醫衛合作與產業鏈發展旗艦計畫之戰略目標為藉由我國醫療衛生軟實力，深耕醫衛人脈網絡，擴大我國在新南向國家的影響力；透過全面性醫衛合作與相關產業鏈密切連結，增加我國醫衛產業之出口機會及產值；並強化防疫境外之理念，建構更安全之區域聯合防制網絡，保障人民健康安全。
第一期計畫（107至110年）成功建立了與新南向國家之間的雙向合作機制，並奠定醫衛人才培訓互動的基礎。
第二期計畫（111至114年）則擴展一國一中心平臺，協助我國產業與當地建立合作橋樑，逐步深化與新南向國家醫衛供應鏈結，實現「穩固基礎、擴大成效」的目標。
第三期計畫（115至118年）將以「公私協力推動產業永續發展」為原則，制定因制宜的差異化推動策略，擴展計畫的深度與廣度，為新南向醫衛合作注入更多活力。