有關103年9月25日消基會所指政府應負擔36%之健保費，102年少付158億元之意見，主因為行政院主計總處與健保署對「應提列或增列之安全準備」之法規見解不同，導致有不同的計算結果。此項政府負擔總經費不得低於保險經費扣除法定收入後之36%之法定責任，為二代健保實施後之新制度，故為首度面臨之問題。
主計總處引用健保法第78條，列計102年度1個月保險給付支出為安全準備總額，在101年度安全準備總額尚有0.5個月保險給付支出下，102年度提撥不足數0.5個月；健保署則按健保法第76條規定，將102年度收支結餘1.6個月，核實提撥安全準備，累計102年度安全準備總額為2.1個月；兩者相差1.1個月保險給付支出，從而導致兩者計算政府法定下限36%之差額值，達158億餘元之落差。
本案因對於健保財務會產生重大影響，受到健保會高度重視。考量健保會委員是由被保險人、雇主、保險醫事服務提供者、專家學者、公正人士及有關機關代表組成，為二代健保落實全民監督與參與之重要溝通平台，委員意見不容忽視。衛福部已於103年9月23日就委員意見併同相關疑義函報行政院，未來並將持續與主計總處溝通協調，以取得一致見解，以信守政府對健保財務依法定責任負擔之承諾。
依健保署統計資料顯示，截至103年6月底保險收支累計結餘已符合健保法第78條安全準備總額之規定，健保財務尚稱穩健。依健保署估算，若保持現行費率4.91%，仍可於105年以前維持財務平衡，短期內並無調高費率之迫切性，請民眾不須擔心。