有關大陸人士來臺期間之相關權利義務事宜，衛福部表示歷來均尊重我國兩岸事務主管機關之政策方向，同時秉持行政一體立場，協助推動相關配套措施，包括過去兩岸政策考量應保障人倫團聚與吸引陸資等因素，逐步放寬大陸配偶與大陸專業人士來臺，衛福部則配合整體政策之規劃，放寬特定大陸人士於符合法定條件後參加健保。
廣受各界關注以「產業科技研究」、「學術科技研究」、「企業內部調動」及「投資經營管理」事由來臺之大陸專業人士，係配合兩岸政策陸續自90年起放寬參加健保。其中「產業科技研究」及「學術科技研究」係自90年起放寬，「企業內部調動」於95年起放寬，而「投資經營管理」則於98年方才放寬。另本國人士之大陸配偶及眷屬，係自89年起陸續放寬。
至於各界質疑以「產業科技研究」、「學術科技研究」、「企業內部調動」及「投資經營管理」事由來臺之大陸人士，不宜由政府補助四成保險費之意見，衛福部已在審慎研議其是否應比照健保第一類保險對象，由邀請其來臺之單位比照企業主負擔其六成保險費，政府只補助一成保險費。惟在計費方式未修正前，該等保險對象除須負擔一般健保費外，其來臺從事專業活動所獲致之報酬，因未計繳一般保險費，故須依法扣繳補充保險費，而邀請單位亦須針對該等給付繳交投保單位之補充保險費。