壹、部發文
| 單位 | 發文代字 |
| 部長室、主任秘書室 | 衛部主 |
| 綜合規劃司 | 衛部綜 |
| 社會保險司 | 衛部保 |
| 社會救助及社工司 | 衛部救 |
| 保護服務司 | 衛部護 |
| 護理及健康照護司 | 衛部照 |
| 醫事司 | 衛部醫 |
| 心理健康司 | 衛部心 |
| 中醫藥司 | 衛部中 |
| 長期照顧司 | 衛部顧 |
| 口腔健康司 | 衛部口 |
| 秘書處 | 衛部秘 |
| 人事處 | 衛部人 |
| 政風處 | 衛部政 |
| 會計處 | 衛部會 |
| 統計處 | 衛部統 |
| 資訊處 | 衛部資 |
| 法規會 | 衛部法 |
| 附屬醫療及社會福利機構管理會 | 衛部管 |
| 全民健康保險會 | 衛部健 |
| 全民健康保險爭議審議會 | 衛部爭 |
| 國民年金監理會 | 衛部監 |
| 衛生福利人員訓練中心 | 衛部訓 |
| 國際合作組 | 衛部國 |
| 國會聯絡組 | 衛部聯 |
| 公共關係室 | 衛部公 |
| 科技發展組 | 衛部科 |
貳、授權所屬三級機關(構)代發部函
| 單位 | 發文代字 |
| 社會及家庭署 | 衛授家 |
| 疾病管制署 | 衛授疾 |
| 食品藥物管理署 | 衛授食 |
| 國民健康署 | 衛授國 |
| 中央健康保險署 | 衛授保 |
| 國家中醫藥研究所 | 衛授中 |
