第一科 初級預防及教育推廣 

1. 保護服務研究發展與考核
2. 保護服務初級預防宣導與推廣
3. 保護服務防治網絡資源統合與發展
4. 保護性社工人力資源管理及教育訓練
5. 單位預算及人事管理
6. 其他綜合性事項

第二科 成人保護

1. 家庭暴力防治法之法規研擬、政策規劃與推動
2. 成人家庭暴力防治、老人保護及身心障礙者保護政策評估與研究發展
3. 家暴高危機案件管理與跨網絡服務模式推動與研究發展
4. 家暴被害人多元服務方案規劃與推動
5. 老人及身心障礙者保護服務模式建構、研究發展與推動
6. 113保護專線維運管理

第三科 性暴力防治

1. 性侵害犯罪防治法、性騷擾防治法及兒少性剝削防制條例等法規研擬、政策規劃與推動
2. 性侵害、性騷擾防治及兒少性剝削防制政策評估與研究發展
3. 性侵害被害人司法權益維護，含減述作業、陪同偵訊、專家鑑定等相關作業流程制（修）訂、政策規劃與推動
4. 性侵害被害人創傷復原服務推廣計畫
5. 保護資訊系統及本司網站維運管理
6. 兒少接觸網路不當內容防制政策規劃與推動

第四科 兒童及少年保護

1. 兒少保護法規研擬及政策規劃與推動
2. 兒少虐待防治政策評估與研究發展
3. 兒少保護事件相關評估工具研發與推廣
4. 兒少保護事件家庭處遇與親職教育資源發展與推廣
5. 兒少保護個案親屬安置服務推廣
6. 兒少拒毒預防輔導政策規劃與推動