保護服務司掌理家庭暴力、性侵害、性騷擾防治與老人、身心障礙者、兒少保護及兒少性剝削防制政策規劃、法規研訂與被害人保護服務方案、教育宣導及研究發展之規劃、推動及督導事項，業務範圍涵蓋原內政部家庭暴力及性侵害防治委員會、社會司及兒童局之保護性業務。本司分四科辦事，法定職掌如下：

一、性騷擾防治政策規劃、法規研訂、救濟及調解制度建立、教育宣導及研究發展事項。
二、家庭暴力防治政策規劃、法規研訂、被害人保護服務方案、教育宣導及研究發展事項。
三、性侵害防治政策規劃、法規研訂、被害人保護服務方案、教育宣導及研究發展事項。 
四、兒童及少年保護政策規劃、法規研訂、被害人保護服務方案、教育宣導及研究發展事項。
五、兒童及少年性剝削防制政策之規劃、推動及相關法規之研訂。