我國有關法人規範之法源依據為民法，然民法並無公益財團法人合併、分立或委託經營之明文規定。醫療法第三十九條規定：「醫療法人經中央主管機關許可，得與其他同質性醫療法人合併之。醫療法人經中央主管機關許可合併後，應於兩週內作成財產目錄及資產負債表，並通知債權人。公司法第七十三條第二項、第七十四條第一項之規定準用之。因合併而消滅之醫療法人，其權利義務由合併後存續或另立之醫療法人概括承受。」

      因此，醫療財團法人僅得與醫療財團法人合併。實務上，合併之醫療機構，其合併後名稱若異於原合併機構名稱，則視同成立新醫療機構，適用醫療法中有關醫療財團法人設立申請之規範。若合併後之醫療法人採用舊存名稱，則名稱續存之法人，准用變更登記事項之規定；原名稱廢棄不用之醫療法人，則視同廢止其許可。

      董事會應就合併案召開董事會議，依照董事會組織及議事章則所規範重大事項研議之程序處理：（一）開會通知、議程及相關附件應於會議十日前送達所有董事，並報請中央衛生主管機關備查；（二）出席人數達董事席次三分之二以上，方能成會；（三）會議中應就合併之事由、目的、擬達成目標、處理程序等事項充分討論，經出席董事三分之二以上同意事項達成決議；（四）擬就合併計畫說明書；（五）詳實記載該次會議討論過程於董事會議紀錄。董事長應檢具該次董事會議紀錄，合併計畫說明書，函請中央衛生主管機關審核同意。

依醫療法施行細則第二十一條規定，醫療財團法人之合併，應檢附下列文件：

1. 合併契約書。
2. 合併計畫書。
3. 合併前各醫療財團法人之捐助章程。
4. 合併前各醫療財團法人之財產目錄及財務報表。
5. 合併前各醫療財團法人董事會通過合併之會議紀錄。
6. 合併後存續或另立醫療財團法人之捐助章程。
7. 合併後存續或另立醫療財團法人之財務報表（應經會計師查核簽證）。
8. 合併後存續或另立醫療財團法人二年內之業務計畫、預算書及所需營運資金。

      中央衛生主管機關就該案之審查，得提請醫療財團法人補充說明相關資訊；並會請相關主管單位提供意見。必要時，並得邀集相關機構組織及專業人員組成諮議委員會，進行審查。

      醫療財團法人於取得中央衛生主管機關之同意函後，於兩週內作成財產目錄及資產負債表，並通知債權人；並參照公司法第七十三條第二項規定，指定三十日以上期限，聲明債權人得於期限內提出異議。參照公司法第七十四條之規定，法人不為債權人之通知及公告，或對於在指定期限內提出異議之債權人不為清償，或不提供相當擔保者，不得以其合併對抗債權人。

      完成前述程序後，合併後之醫療財團法人應依醫療法第四十二條第二項、第四十四條第二項、第三項規定，檢附下列文件，報請中央主管機關核定：

1. 中央主管機關之許可函。
2. 本法第三十三條第二項所定之章則。
3. 董事會成立會議紀錄。
4. 法人及董事印鑑。
5. 董事名冊、願任董事同意書及其身分證明文件。

      取得中央衛生主管機關之核定函後，合併後之醫療財團法人應向該管地方法院辦理，方可依法定程序進行合併之相關事宜，並至地方法院辦理相關之登記（設立、解散）或變更登記（捐助章程、董事會、財產總額等）。法人登記證書影本應函送中央衛生主管機關核備。