本處前身為行政院衛生署資訊中心，於75年6月以臨時任務編組報院核准設置。初期以推動行政業務電腦化、促進行政效率、提升工作品質為主要任務。

因應網路科技之發展，辦理「網路健康服務推動計畫（計畫期程：民國91-94年）」及「衛生局所網路便民服務計畫（計畫期程：民國92-95年）」2項四年計畫，推動國際醫療資訊標準之本土化，辦理電子病歷推廣計畫，加速衛生局所全面及一致性之網際網路應用。

另持續辦理「國民健康資訊建設計畫（計畫期程：民國97-100年）」及「加速醫療院所實施電子病歷系統計畫（計畫期程：民國99-101年）」，營造國家健康資訊發展環境，建置服務導向之公共衛生資訊系統平台及入口網，積極推動醫療院所實施電子病歷，提升醫療服務品質及醫療資源運用效能，提供民眾更完善之醫療保健服務。後續102年至104年持續辦理「醫院實施電子病歷及互通補助計畫」，以加速電子病歷互通。

同時於101年規劃辦理台灣健康雲計畫，其分成「醫療雲」、「照護雲」、「保健雲」以及「防疫雲」四項子計畫，透過健康資通訊基礎建設及雲端化概念之運用，進一步提供醫療院所、衛生機構、健康服務提供者等互相合作，使得全國國民透過上述整合性運用來提高醫療健康水平。

配合行政院組織改造，衛生署改制為衛生福利部，資訊中心併同中醫藥委員會、內政部相關資訊業務及同仁亦改為資訊處，規劃分四科辦事；本處除應用資訊、通訊科技，整合衛生醫療及社會福利資訊業務，亦藉由資訊改造，提升機關之工作效能，持續提供民眾優質之資訊服務。