因應衛生福利部成立，原行政院衛生署中醫藥委員會納編為本部中醫藥司，分4科辦事，法定職掌如下：

一、中醫藥管理政策之規劃、推動及相關法規之研擬。

二、中醫醫事人員管理與醫事人力發展政策之規劃、推動及相關法規之研擬。

三、中醫醫事機構管理政策之規劃、推動及相關法規之研擬。

四、中藥(材)之管理與品質促進政策之規劃、推動及相關法規之研擬。

五、其他有關中醫藥管理事項。